3.04.1923 года хиротонисан во епископа Бугумильского. В конце 1923 года уклонился в обновленческий раскол. После покаяния в 1924 года, как поставленный архиереями старого поставления, принят в общение с Русской Православной Церковью в сущем сане. С 1924 года епископ Курганский, с 16.11.1927 года епископ Малмыжский, вик. Сарапульский епархии. С 11.02.1931 г. – епископ Етанаевский. С 05.06.1931 года епископ Сызранский. С 24.08.1931 епископ Омский, 11.08.1933 года возведен сан архиепископа (с октября 1932 года подписывался как архиепископ ГАОО Ф.1545 оп.1д.8 л.113).

В Омском архиве сохранились указы о назначении Омских священников. Архиепископ Алексей арестован в Омске 23 апреля 1935 года. Владыку обвиняли в том, что он будучи враждебно настроенным по отношению к советскому строю, сгруппировал вокруг себя единомышленников из Тихоновского духовенства и беглых людей. Наиболее активными участниками являются: Топорин Дмитрий Алексеевич, священник Ильинской церкви; Зайцев Петр Прокопьевич, дьякон Ильинской церкви; Перепелкин Ефим Артемьевич, бывший миссионер; Жарков Николай Иванович, бывший кулак. "Данная группа во главе с архиепископом Орловым А. на протяжении нескольких лет систематически занимались ведением антисоветской агитации, направленной против политики партии и Соввласти, распространяя провокационные слухи о предстоящей войне и неизбежной гибели Советской власти." (Забвению не подлежит.)

Через месяц список обвиняемых пополняется еще троими участниками: бывший священник Валериан Михаилович Сапожников, омский священник Петр Александрович Кузнецов и священником из села Лосево Исилькульского района Омской области Степаном Авксентьевич Шалыгин.

Допросы владыки начались с 24 апреля. Все обвинения он отклонил. 72 летнему старцу приходилось оправдываться на все обвинения. Из текстов допросов становиться известно о жизни епархии в то сложное время. В феврале 1935 года была закрыта Знаменская церковь и передана обновленцам, в связи с эти владыка Алексей за трапезой на свой именины сказал: "это грубое насилие, полнейший произвол, беззаконие. Обновленцы совершенно обнаглели, показывают истинное свое лицо". Посылал владыка обращение к духовенству об обновленчестве его сущности, была написана молитва и разослана по всем церквям. Но всякую деятельность владыки на укрепление церкви власти рассматривали как антисоветские действия. В вину поставили даже помощь ссыльному духовенству.

10 июля 1935 года было составлено обвинительное заключение в котором владыку обвиняли в том, что:

1. Возглавлял пораженческую группу духовенства Тихоновской ориентации. Сам распространял провокационные слухи о скорой предстоящей войне Японии с СССР и неизбежности гибели Сов.власти, обрабатывал верующих в пользу Японии, доказывая, что она является защитницей христианства;
2. Распространял провокационные слухи, что в случае войны Красная Армия восстанет;
3. В связи с убийством Кирова говорил, что «много пострадало невинных».

Особое совещание при НКВД Союза ССР постановило признать Орлова Алексея Степановича виновным в преступлении по ст. 58-10-11 и приговорить к ссылки в Казахстан на 5 лет. Ссылку владыка отбывал в городке Мирзояне (южный Казахстан). Где был повторно арестован15 мая 1937 года за антисоветскую деятельность и приговорен к высшей мере наказания. Архиепископ Алексей расстрелян 27 августа 1937 года. Прославлен в лике святых на юбилейном 2000 года Соборе как священномученик архиепископ Алексий Омский.