На родину будущий владыка вернулся в 1903 году по назначению ректором Одесской духовной семинарии. 10 декабря 1906 года в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры состоялась хиротония в епископа Елизаветградского викария Херсонской епархии. Хиротонию совершали: Антоний, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский; митрополит Московский Владимир, Киевский Флавиан и другие архиепископы и епископы.

30 июля 1914 года владыка Анатолий переведен на Томскую кафедру с титулом Томский и Алтайский. В это же время он был членом Государственной думы 4-го созыва (1912-1917 гг.). В Томск прибыл 8 января 1916 года. После февральской революции во многих епархиях начались политические брожения в которые втянуто было и духовенство. Так произошло и в Томске. Часть духовенства епархии выразили свое недоверие владыке как политическому деятелю и возбудили ходатайство перед Св. Синодом об освобождении епархии от владыки Анатолия и назначении за место него управляющим викарного епископа Иннокентия Бийского. Однако их жалоба осталась без последствий.

Присутствовал владыка на Помесном Соборе 1917-1918 годов. События последовавшие за октябрьским переворотом 1917 года заставили многих людей сняться с родных мест и начать странствие по нашей Родине.

Владыка Анатолий вместе с отступающими войсками Колчака из города Томска направился в сторону Дальнего Востока и решил остаться в городе Иркутске. Вскоре 12 июня 1920 года он был назначен управляющим Иркутской и Верхоленской епархии.

Машина по уничтожению духовенства постепенно набирала обороты. Большевистская власть пользовалась любой возможностью что ослабить Церковь. В 1921-1922 года в Поволжье и центральных районах России разразился страшный голод. Началась кампания по изъятию церковных ценностей необходимых пропитания голодающих как заявляли власти. В секретном письме Ленин указывал, что необходимо пользоваться моментом и расстрелять как можно больше духовенства, потому - что другого такого момента может не представиться.

В газете "Красный стрелок" появилось обращение заместителя начальника 5 армии Котевникова к владыке Анатолию с требованием отдать "лишние" золотые вещи, которые лежат в ризницах епархии и не употребляются в процессе богослужения ни в вечерних службах ни в литургии. "Голодающий народ ждет помощи от вас владыка, вы как верховный пастырь спасите его от смерти накормите". При этом просили дать скорейший ответ. Архиепископ Анатолий спустя три дня дал ответ. Ссылаясь на свое не полномочие распоряжаться церковным золотом принадлежащим Иркутской епархии владыка положился на волю церковных советов и самих верующих, добавив что церковь не прочь помочь голодающим, но вам мы (большевикам) золота не дадим, миряне вам не доверяют. Как описывает происходящие Кондратий Белов в своем дневнике были проведены собрания верующих на которых было принято золотую церковную утварь большевикам не давать.

Это решение стало причиной ареста архиепископа Анатолий Иркутского и Верхоленского, как сообщила об это газета "Красный Знамя" №103 от 15 мая 1922 года.

Вместе с владыкой судили ключаря кафедрального собора города Иркутска протоиерей Петра Олерского и двух мирян. Главным обвинением было укрывательство церковного золота и группы белогвардейцев. Владыку Анатолия архиепископа Иркутского и Верхоленского бывшего председателя Союза Русского Народа приговорили к высшей мере наказания – расстрелу, который был заменен 5 годами тюремного заключения. Протоиерея Петра Олерского приговорили к 3 годам заключения. Через 2 года, 4 августа 1924 года архиепископа бывшего Иркутского освободили из-под стражи, с ним был отпущен отец Петр Олерский. Божием промыслом они оказались в городе Омске. Владыка Анатолий был управляющим Омской епархии с октября 1924 года. 3 декабря 1924 года сподобился мирной кончины в алтаре Братской церкви, во время всенощного бдения под воскресение. Почувствовав сердечную слабость, он со всеми простился и сидя в кресле при пении "Слава в вышних Богу…" тихо скончался. 3 декабря 1925 года архиепископ Виктор (Богоявленский) служил литургию Кладбищенской Всесвятской церкви по случаю исполнения года со дня смерти архиепископа Анатолия. Батюшка Петр Олерский служил в Омской епархии и был расстрелян 10 сентября 1937 года, будучи настоятелем Георгиевской церкви.

Останки владыки Анатолия были захоронены на Казачьем кладбище, а затем старанием Ракировой Татьяны Петровны перенесены на Старо-Северное кладбище, где покоятся и поныне в одной оградке с могилой архиепископа Алексея (Пантелеева).

Материалы подготовил о.Вячеслав Сукховетский.